О раннем детстве Наполеона известно немногое. Ребёнком он страдал от сухого кашля, что могло быть приступами туберкулёза. Со слов его матери и старшего брата Жозефа, Наполеон много читал, в особенности историческую литературу. Он нашёл себе небольшую комнату на третьем этаже дома и нечасто спускался оттуда, пропуская семейные трапезы. Наполеон впоследствии утверждал, что впервые прочитал «Новую Элоизу» Руссо в возрасте девяти лет. Однако с этим образом хилого интроверта плохо согласуется его детское прозвище «Баламут».

Родным языком Наполеона был корсиканский диалект итальянского языка. Он учился читать и писать по-итальянски в начальной школе и стал изучать французский язык лишь когда ему было почти десять лет. Всю свою жизнь он говорил с сильным итальянским акцентом. Благодаря сотрудничеству с французами и покровительству губернатора Корсики графа де Марбёфа, Карло Буонапарте удалось добиться королевских стипендий для двух старших сыновей, Жозефа и Наполеона. В 1777 году Карло был избран депутатом в Париж от корсиканского дворянства. В декабре 1778 года, отправляясь в Версаль, он взял с собой обоих сыновей и шурина Феша, добившегося стипендии в семинарии Экса. Мальчики были на четыре месяца помещены в коллеж в Отёне, главным образом с целью обучения французскому языку.

В мае 1779 года Наполеон поступил в кадетскую школу (коллеж) в Бриен-ле-Шато. Друзей в коллеже у Наполеона не было, так как он происходил из не слишком богатой и знатной семьи, да к тому же был корсиканцем с ярко выраженным патриотизмом к родному острову и неприязнью к французам как поработителям Корсики. Издевательства некоторых одноклассников заставили его замкнуться в себе и посвящать больше времени чтению. Он читал Корнеля, Расина и Вольтера, его любимым поэтом был Оссиан. Наполеон особенно любил математику и историю, его увлекала античность и такие исторические персонажи, как Александр Великий и Юлий Цезарь. Особых успехов Наполеон добился в математике, истории и географии; напротив, в латыни и немецком он был слаб. Кроме того, он делал довольно много ошибок при написании, зато стиль его стал намного лучше благодаря его любви к чтению. Конфликт с некоторыми преподавателями сделал его даже популярным среди сверстников и постепенно он стал их неформальным лидером.

Ещё в Бриенне Наполеон решил специализироваться по артиллерии. В этом роде войск были востребованы его математические таланты, здесь же были наибольшие возможности для карьеры независимо от происхождения. Выдержав выпускные экзамены, в октябре 1784 года Наполеон был принят в Парижскую военную школу. Там он изучал математику, естественные науки, верховую езду, военную технику, тактику, в том числе познакомился с новаторскими работами Гибера и Грибоваля. По-прежнему он шокировал учителей своим восхищением Паоли, Корсикой, неприязнью к Франции. Учился он в этот период превосходно, очень много читал, составляя обширные конспекты.

В общей сложности Наполеон не был на Корсике почти восемь лет. Обучение во Франции сделало из него француза — он переехал сюда в раннем возрасте и провёл здесь долгие годы, Франция превосходила в то время остальную Европу в культурном плане и французская идентичность была очень притягательна.